隨著“營(yíng)改增”范圍不斷擴(kuò)大，對(duì)稅收屬地管理原則的沖擊也將更大。跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)建筑企業(yè)不再在勞務(wù)發(fā)生地申報(bào)納稅，改向其總機(jī)構(gòu)所在地申報(bào)納稅，致使其稅收與稅源背離，總機(jī)構(gòu)與勞務(wù)地爭(zhēng)奪稅源必然加劇另一輪稅收分配矛盾。

由于稅收管理方式的特殊性，匯總納稅企業(yè)同樣存在不少稅收風(fēng)險(xiǎn)。由于國(guó)、地稅兩部門對(duì)企業(yè)所得稅政策理解程度不一致、執(zhí)法力度不相同、人員素質(zhì)有差異、征管措施有區(qū)別、稅收收入壓力有差別，導(dǎo)致對(duì)同一地區(qū)企業(yè)所得稅管戶管理松緊不一、粗細(xì)不一，致使同一地區(qū)、同一行業(yè)企業(yè)所得稅稅負(fù)不一。同時(shí)，國(guó)、地稅征管模式存在差異，一方查賬征收，另一方核定征收。國(guó)稅機(jī)關(guān)對(duì)房地產(chǎn)企業(yè)所得稅實(shí)行查賬征收，地稅機(jī)關(guān)對(duì)土地增值稅清算實(shí)行查賬征收，征管方式的不一致導(dǎo)致了稅收流失風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)生。

當(dāng)前，在國(guó)、地稅共管企業(yè)所得稅體制下，由于企業(yè)所得稅與其他稅種的共生關(guān)系，以及國(guó)、地稅戶籍?dāng)?shù)據(jù)沒有實(shí)時(shí)共享，缺乏相互協(xié)調(diào)和配合，稅源管理手段薄弱，導(dǎo)致企業(yè)所得稅征管出現(xiàn)風(fēng)險(xiǎn)。地稅機(jī)關(guān)管理的營(yíng)業(yè)稅，國(guó)稅機(jī)關(guān)無法核實(shí)營(yíng)業(yè)收入，當(dāng)企業(yè)少繳營(yíng)業(yè)稅后就有少繳納企業(yè)所得稅風(fēng)險(xiǎn);國(guó)稅機(jī)關(guān)管理的增值稅，地稅機(jī)關(guān)無法掌握銷售收入，當(dāng)其少繳納增值稅后，就有少繳納城市維護(hù)建設(shè)稅、教育費(fèi)附加等風(fēng)險(xiǎn)。也有地稅機(jī)關(guān)查處房產(chǎn)稅、土地使用稅等地方稅種后，企業(yè)未及時(shí)向國(guó)稅機(jī)關(guān)申請(qǐng)稅前扣除，導(dǎo)致多繳納企業(yè)所得稅的風(fēng)險(xiǎn)。

由于匯算清繳方式的特殊性，也導(dǎo)致匯總納稅企業(yè)存在一定稅收風(fēng)險(xiǎn)。隨著“法人企業(yè)”標(biāo)準(zhǔn)的變化，跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)的稅收監(jiān)管只監(jiān)管到二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，但這些企業(yè)是不是分支機(jī)構(gòu)，基本由總公司說了算。一些企業(yè)常常利用二級(jí)分支機(jī)構(gòu)界定不明確逃避繳納稅款。有些匯總納稅企業(yè)總機(jī)構(gòu)出于自身利益需要，經(jīng)常向稅務(wù)機(jī)關(guān)開具假證明，或通過稅收籌劃人為調(diào)整分支機(jī)構(gòu)層級(jí)，進(jìn)而人為調(diào)節(jié)就地預(yù)繳稅款金額，將重要的生產(chǎn)或銷售分公司設(shè)置為三級(jí)或三級(jí)以下分支機(jī)構(gòu)，在一定程度上逃避當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)的征管，獲取隱性稅收利益。

同時(shí)，現(xiàn)行匯總方式導(dǎo)致了一定的稅收風(fēng)險(xiǎn)。一方面，企業(yè)所得稅匯總納稅的主體是總機(jī)構(gòu)，但需要分支機(jī)構(gòu)的配合才能完成。在具體匯總方式上五花八門，不僅給匯總納稅企業(yè)總部的稅收管理帶來壓力，同時(shí)由于缺乏法定匯總依據(jù)，多樣性的匯總方式導(dǎo)致匯總納稅風(fēng)險(xiǎn)難以估量。另一方面，跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)的復(fù)雜性和管理層級(jí)的龐大性，加上匯總平臺(tái)的缺失，使分公司的原始憑證是否合法，發(fā)票真?zhèn)渭胺止緦?duì)復(fù)雜特殊業(yè)務(wù)的處理是否確等都難以解決，加大了總公司集中匯總的風(fēng)險(xiǎn)，對(duì)總公司實(shí)行監(jiān)管的稅務(wù)機(jī)關(guān)也帶來了很大壓力。