一、以貨幣性資金出資方式取得的股權(quán)，按照實(shí)際支付的價(jià)款與取得股權(quán)直接相關(guān)的合理稅費(fèi)之和確認(rèn)股權(quán)原值。以貨幣性資金出資方式取得股權(quán)最為常見，包括以貨幣性資金投資入股或貨幣性資金受讓的股權(quán)，均應(yīng)當(dāng)按照實(shí)際支付的價(jià)款和取得股權(quán)時(shí)繳納的合理稅費(fèi)作為股權(quán)原值進(jìn)行扣除。

應(yīng)當(dāng)注意：一是以貨幣資金投資入股，在投資未到位前發(fā)生的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，其投資成本按照實(shí)際出資額確定。二是原始股東的股權(quán)原值是通過被投資企業(yè)賬面體現(xiàn)，一般反映在“實(shí)收資本”和“資本公積(股本溢價(jià))”科目。也就是說，以貨幣出資，投資成本并非僅指計(jì)入實(shí)收資本部分，還應(yīng)當(dāng)包括計(jì)入資本公積的部分，都屬于股東所有者權(quán)益。股權(quán)原值還應(yīng)當(dāng)包括個人繳納的合理稅費(fèi)。三是非原始股東的股權(quán)原值并不通過被投資企業(yè)賬面體現(xiàn)，其股權(quán)原值的合法憑據(jù)為雙方所簽訂的股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議以及實(shí)際支付的價(jià)款等。

舉例：張三將持有的a公司的股權(quán)轉(zhuǎn)讓給李四，股權(quán)轉(zhuǎn)讓價(jià)為1000萬元，股權(quán)轉(zhuǎn)讓繳納印花稅5000元。則李四再次轉(zhuǎn)讓股權(quán)時(shí)，允許扣除的股權(quán)原值為1000.5萬元。

二、以非貨幣性資產(chǎn)出資方式的股權(quán)原值扣除應(yīng)當(dāng)區(qū)分情況。一般來說，個人以非貨幣性資產(chǎn)投資(不包括符合遞延納稅條件的技術(shù)成果投資)的，其“投資額”按照投資時(shí)非貨幣性資產(chǎn)經(jīng)評估后的公允價(jià)值確認(rèn)。這是因?yàn)椤敦?cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于個人非貨幣性資產(chǎn)投資有關(guān)個人所得稅政策的通知》(財(cái)稅〔2015〕41號)規(guī)定：個人以非貨幣性資產(chǎn)投資，屬于個人轉(zhuǎn)讓非貨幣性資產(chǎn)和投資同時(shí)發(fā)生。對個人轉(zhuǎn)讓非貨幣性資產(chǎn)的所得，應(yīng)按照“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”項(xiàng)目，依法計(jì)算繳納個人所得稅。以非貨幣性資產(chǎn)投資，在投資環(huán)節(jié)繳納個人所得稅，相應(yīng)轉(zhuǎn)讓股權(quán)時(shí)，應(yīng)當(dāng)按照投資時(shí)非貨幣性資產(chǎn)經(jīng)評估的公允價(jià)值確認(rèn)“投資額”。但財(cái)稅〔2015〕41號出臺之前，個人以非貨幣性資產(chǎn)投資行為相關(guān)個人所得稅政策也經(jīng)歷了一系列演變。如《國家稅務(wù)總局關(guān)于非貨幣性資產(chǎn)評估增值暫不征收個人所得稅的批復(fù)》(國稅函〔2005〕319號)規(guī)定，對個人將非貨幣性資產(chǎn)進(jìn)行評估后投資于企業(yè)，其評估增值取得的所得在投資取得企業(yè)股權(quán)時(shí)，暫不征收個人所得稅;在投資收回、轉(zhuǎn)讓或清算股權(quán)時(shí)如有所得，再按規(guī)定征收個人所得稅，其財(cái)產(chǎn)原值為資產(chǎn)評估前的價(jià)值。該文件現(xiàn)已作廢。因此，在投資時(shí)未按照規(guī)定計(jì)征個人所得稅的，股權(quán)原值按照非貨幣性資產(chǎn)原值以及在非貨幣性資產(chǎn)投資過程中發(fā)生的與資產(chǎn)轉(zhuǎn)移相關(guān)的稅金及合理稅費(fèi)確認(rèn)。

個人以技術(shù)投資入股選擇遞延納稅的，股權(quán)原值扣除有所區(qū)別。按照《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于完善股權(quán)激勵和技術(shù)入股有關(guān)所得稅問題的通知》(財(cái)稅〔2016〕101號)規(guī)定，個人以技術(shù)成果投資入股到境內(nèi)居民企業(yè)，被投資企業(yè)支付的對價(jià)全部為股票(權(quán))，選擇適用遞延納稅優(yōu)惠政策。選擇技術(shù)成果投資入股遞延納稅政策的，經(jīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案，投資入股當(dāng)期可暫不納稅，允許遞延至轉(zhuǎn)讓股權(quán)時(shí)，按股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入減去技術(shù)成果原值和合理稅費(fèi)后的差額計(jì)算繳納所得稅。

三、通過無償讓渡方式取得股權(quán)，區(qū)分兩種情形分別確認(rèn)股權(quán)原值：一是無償讓渡給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉(zhuǎn)讓人承擔(dān)直接撫養(yǎng)或者贍養(yǎng)義務(wù)的撫養(yǎng)人或者贍養(yǎng)人轉(zhuǎn)讓股權(quán)時(shí)，按取得股權(quán)發(fā)生的合理稅費(fèi)與原持有人的股權(quán)原值之和確認(rèn)股權(quán)原值。之所以要追索到原持有人股權(quán)原值，這是因?yàn)樵诠蓹?quán)無償讓渡時(shí)，贈與人并未繳納個人所得稅，該所得是在本次轉(zhuǎn)讓時(shí)實(shí)現(xiàn)，并且該所得是由轉(zhuǎn)讓人取得，所以，扣除股權(quán)原值應(yīng)當(dāng)按照原持有人股權(quán)原值確認(rèn)。二是不屬于上述關(guān)系無償讓渡的股權(quán)再轉(zhuǎn)讓，按照無償讓渡時(shí)股權(quán)的公允價(jià)值和取得股權(quán)時(shí)繳納的合理稅費(fèi)作為股權(quán)原值進(jìn)行扣除。雖然同屬于無償讓渡，雖然贈與人并未取得任何收入，但不屬于上述關(guān)系無償讓渡屬于價(jià)格明顯偏低而無當(dāng)理由的情形，因?yàn)?，在無償讓渡時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)將以無償讓渡時(shí)股權(quán)的公允價(jià)值確認(rèn)股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入，計(jì)算贈與人股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得個人所得稅。所以，受贈人再轉(zhuǎn)讓該股權(quán)時(shí)，應(yīng)當(dāng)按照無償讓渡時(shí)股權(quán)的公允價(jià)值和取得股權(quán)時(shí)繳納的合理稅費(fèi)作為股權(quán)原值進(jìn)行扣除。

四、被投資企業(yè)以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉(zhuǎn)增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉(zhuǎn)增額和相關(guān)稅費(fèi)之和確認(rèn)其新轉(zhuǎn)增股本的股權(quán)原值。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于原城市信用社在轉(zhuǎn)制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應(yīng)納個人所得稅的批復(fù)》(國稅函〔1998〕289號)第二條規(guī)定：“《國家稅務(wù)總局關(guān)于股份制企業(yè)轉(zhuǎn)增股本和派發(fā)紅股征免個人所得稅的通知》(國稅發(fā)〔1997〕198號)中所表述的‘資本公積金’是指股份制企業(yè)股票溢價(jià)發(fā)行收入所形成的資本公積金。將此轉(zhuǎn)增股本由個人取得的數(shù)額，不作為應(yīng)稅所得征收個人所得稅。而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應(yīng)當(dāng)依法征收個人所得稅。”資本公積轉(zhuǎn)增資本,除由上市公司股票上市時(shí)形的股票溢價(jià),無需交個稅外,其他以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉(zhuǎn)增股本，在轉(zhuǎn)增環(huán)節(jié)視同分配、再投資，需要交納稅個人所得稅。所以，資本公積、盈余公積、未分配利潤轉(zhuǎn)增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉(zhuǎn)增額和相關(guān)稅費(fèi)之和確認(rèn)其新轉(zhuǎn)增股本的股權(quán)原值，反之沒有繳納個人所得稅的，應(yīng)當(dāng)相應(yīng)從股權(quán)原值中扣除。

舉例：自然人以現(xiàn)金500萬投資一家股份制公司，該公司按照股權(quán)比例分別入股本10萬和資本公積490萬。之后，該公司將資本公積轉(zhuǎn)增股本，該自然人未就資本公積轉(zhuǎn)增資本200萬繳納個人所得稅。該公司后期被上市公司收購，該自然人將獲得股權(quán)予以轉(zhuǎn)讓。計(jì)算應(yīng)扣除的投資成本為500萬元，而不能按照700萬扣除，理由是資本公積轉(zhuǎn)增股本未交個人所得稅。

五、量化資產(chǎn)給個人的股份。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于促進(jìn)科技成果轉(zhuǎn)化有關(guān)個人所得稅問題的通知》(國稅發(fā)〔1999〕125號)的規(guī)定，科研機(jī)構(gòu)、高等學(xué)校轉(zhuǎn)化職務(wù)科技成果以股份或出資比例等股權(quán)形式給予科技人員個人獎勵，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后，暫不征收個人所得稅;獲獎人轉(zhuǎn)讓股權(quán)、出資比例，對其所得按“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”應(yīng)稅項(xiàng)目征收個人所得稅，財(cái)產(chǎn)原值為零。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)改組改制過程中個人取得的量化資產(chǎn)征收個人所得稅問題的通知》(國稅發(fā)〔2000〕60號)的規(guī)定，對職工個人以股份形式取得的僅作為分紅依據(jù)、不擁有所有權(quán)的企業(yè)量化資產(chǎn)，不征收個人所得稅;對職工個人以股份形式取得的擁有所有權(quán)的企業(yè)量化資產(chǎn)，暫緩征收個人所得稅;待個人將股份轉(zhuǎn)讓時(shí)，就其轉(zhuǎn)讓收入額，減除個人取得該股份時(shí)實(shí)際支付的費(fèi)用支出和合理轉(zhuǎn)讓費(fèi)用后的余額，按“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”項(xiàng)目計(jì)征個人所得稅。

六、股權(quán)激勵方式取得股權(quán)成本的確認(rèn)。根據(jù)《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于完善股權(quán)激勵和技術(shù)入股有關(guān)所得稅問題的通知》(財(cái)稅〔2016〕101號)的規(guī)定，遞延納稅政策的非上市公司股票期權(quán)、股權(quán)期權(quán)、限制性股票和股權(quán)獎勵，股票(權(quán))期權(quán)取得成本按行權(quán)價(jià)確定，限制性股票取得成本按實(shí)際出資額確定，股權(quán)獎勵取得成本為零。