企業(yè)所得稅季度預(yù)繳依據(jù)企業(yè)的不同情況有幾種方法，其中查賬征收企業(yè)中最為常見的是以實際利潤額進行預(yù)繳。

就目前來說，企業(yè)所得稅季度預(yù)繳按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈中人民共和國企業(yè)所得稅月(季)度預(yù)繳納稅申報表(a類，2018年版)〉等報表的公告》(國家稅務(wù)總局公告2020年第12號)執(zhí)行。

對于查賬征收并按實際利潤額預(yù)繳企業(yè)所得稅的居民企業(yè)納稅人(以下除另有說明外均指這類預(yù)繳)來說，基本邏輯是：以納稅人按照國家統(tǒng)一會計制度規(guī)定核算的本年累計利潤總額為基礎(chǔ)，通過對“特定業(yè)務(wù)計算的應(yīng)納稅所得額”“不征稅收入”“免稅收入、減計收入、所得減免等優(yōu)惠金額”“資產(chǎn)加速折舊、攤銷(扣除)調(diào)減額”“彌補以前年度虧損”等規(guī)定項目按照規(guī)定進行調(diào)整之后的實際利潤額進行申報預(yù)繳。除此之外，除另有規(guī)定外，在預(yù)繳時并不需要給予調(diào)整。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強企業(yè)所得稅預(yù)繳工作的通知》(國稅函〔2009〕34號)明確，根據(jù)《中人民共和國企業(yè)所得稅法》及其實施條例規(guī)定，除按實際利潤額預(yù)繳有困難的，可以采用規(guī)定方法之外，企業(yè)所得稅應(yīng)當按照實際利潤額預(yù)繳。同時強調(diào)，為確保稅款足額及時入庫，各級稅務(wù)機關(guān)對納入當?shù)刂攸c稅源管理的企業(yè)，原則上應(yīng)按照實際利潤額預(yù)繳方法征收企業(yè)所得稅。

《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)所得稅分月或者分季預(yù)繳。企業(yè)應(yīng)當自月份或者季度終了之日起十五日內(nèi)，向稅務(wù)機關(guān)報送預(yù)繳企業(yè)所得稅納稅申報表，預(yù)繳稅款。企業(yè)應(yīng)當自年度終了之日起五個月內(nèi)，向稅務(wù)機關(guān)報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結(jié)清應(yīng)繳應(yīng)退稅款。

在實務(wù)中，需要處理好企業(yè)所得稅預(yù)繳和匯算清繳的關(guān)系，按季預(yù)繳是一種平衡稅款入庫的手段，在稅前扣除的一些計算和判斷依據(jù)上，與年度稅前扣除的標準之間存在一定的不確定因素和時間性的影響，因此，除規(guī)定的允許預(yù)繳即享受的優(yōu)惠調(diào)整等項目外，安排在匯算清繳時予以依法依規(guī)調(diào)整是合理的。企業(yè)應(yīng)當按照國家統(tǒng)一會計制度規(guī)定準確核算的本年累計利潤總額，并以此為基礎(chǔ)，按照預(yù)繳申報規(guī)定，對預(yù)繳申報規(guī)定需要調(diào)整計算的項目進行調(diào)整之后，確預(yù)繳企業(yè)所得稅，對于其他項目存在的稅會差異(比如暫時性的需要后續(xù)跟進處理的不合規(guī)票據(jù)等)在預(yù)繳申報時并不必須調(diào)整，但在年度匯算清繳時如果仍無法給予補的，應(yīng)一并進行納稅調(diào)整，清繳年度企業(yè)所得稅。