一、申請時間細化

39號公告規(guī)定了納稅人應(yīng)在增值稅納稅申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機關(guān)申請退還留抵稅額。

20號公告進一步明確：

納稅人申請辦理留抵退稅，應(yīng)于符合留抵退稅條件的次月起，在增值稅納稅申報期（以下稱申報期）內(nèi)，完成本期增值稅納稅申報后，通過電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請表》。即從符合留抵退稅條件的次月起，并非必須在次月納稅申報期內(nèi)完成。

案例1：某增值稅一般納稅人，2019年4月至9月連續(xù)6個月符合退稅條件，可以是在10月申報期完成9月納稅申報后，也可以在11月或以后月份的申報期完成本期增值稅納稅申報后，通過電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請表》。

二、與免抵退稅的銜接

39號公告規(guī)定，納稅人出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法的，辦理免抵退稅后，仍符合規(guī)定條件的，可以申請退還留抵稅額；適用免退稅辦法的，相關(guān)進項稅額不得用于退還留抵稅額。即兩者辦理的先后順序是先免抵退稅后留抵退稅。

20號公告進一步明確了：

1.納稅人出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法的，可以在同一申報期內(nèi)，既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅。

2.申請辦理留抵退稅的納稅人，出口貨物勞務(wù)、跨境應(yīng)稅行為適用免抵退稅辦法的，應(yīng)當(dāng)按期申報免抵退稅。當(dāng)期可申報免抵退稅的出口銷售額為零的，應(yīng)辦理免抵退稅零申報。

3.納稅人既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)先辦理免抵退稅。辦理免抵退稅后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，再辦理留抵退稅。

4.納稅人在同一申報期既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請辦理留抵退稅時存在尚未經(jīng)稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額的，應(yīng)待稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額,是指稅務(wù)機關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應(yīng)退稅額”中填報的免抵退稅應(yīng)退稅額。

案例2：某生產(chǎn)型出口企業(yè)適用增值稅免抵退稅辦法，征稅率13%，出口退稅率為13%，2019年9月單證、信息齊全的出口貨物銷售額120萬元，內(nèi)銷貨物不含稅銷售額為80萬元，國內(nèi)購進一批原材料，增值稅專用發(fā)票上注明的價款為1000萬元，增值稅額為130萬元，上期留抵稅額為0。假設(shè)該企業(yè)3月期末留抵稅額為0，4-9月符合留抵退稅條件，進項構(gòu)成比例為90%，2019年10月15日申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅，于2019年11月5日，免抵退稅應(yīng)退稅額經(jīng)稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)，2019年10月的期末留抵稅額為130萬元。

解析：2019年9月所屬期免抵退稅額=120×13%=15.6（萬元）

2019年9月應(yīng)納增值稅額=80×13%-130=10.4-130=-119.6萬元

當(dāng)期應(yīng)退稅額15.6萬元

9月期末留抵稅額為119.6萬元。

計算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構(gòu)成比例×60%=119.6×90%×60%=64.58萬元。

2019年11月5日，稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額15.6萬元，自免抵退稅應(yīng)退稅額核準(zhǔn)之日起10日內(nèi)，假設(shè)11月12日稅務(wù)機關(guān)完成留抵退稅審核，應(yīng)按最近一期即10月《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額130萬元，扣減稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額15.6后的余額114.4萬元確定允許退還的增量留抵稅額為64.58萬元。

5.在納稅人辦理增值稅納稅申報和免抵退稅申報后、稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)其免抵退稅應(yīng)退稅額前，核準(zhǔn)其前期留抵退稅的，以最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額后的余額，計算當(dāng)期免抵退稅應(yīng)退稅額和免抵稅額。

稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額,是指稅務(wù)機關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報的留抵退稅額。

案例3：某企業(yè)2019年4-9月符合留抵退稅相關(guān)條件，9月所屬期可申報免抵退稅的出口銷售額為零，已按規(guī)定辦理了免抵退稅零申報。2019年11月4日通過電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳提交《退（抵）稅申請表》如下圖。

二、留抵退稅

申請退稅前36個月未發(fā)生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發(fā)票情形 是r 否□

申請退稅前36個月未因偷稅被稅務(wù)機關(guān)處罰兩次及以上 是r 否□

自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策 是r 否□

出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應(yīng)稅行為，適用免抵退稅辦法 是r 否□

連續(xù)六個月（按季納稅的，連續(xù)兩個季度）增量留抵稅額均大于零的起止時間 2019年4月至2019年9月

本期已申報免抵退稅應(yīng)退稅額 10萬

2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）注明的增值稅額 100萬

2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的海關(guān)進口增值稅專用繳款書注明的增值稅額 0

2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額 0

2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期全部已抵扣的進項稅額 100萬

本期申請退還的增量留抵稅額 36萬

同時，該企業(yè)于2019年11月8日辦理了10月的納稅申報和免抵退稅申報，10月留抵稅額為70萬元。

稅務(wù)機關(guān)于2019年11月10日完成留抵退稅審核，并向其出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》準(zhǔn)予退還9月的增量留抵稅額36萬元。

此時企業(yè)尚未在《增值稅納稅申報表附列資料（二）（本期進項稅額明細）》第22欄“上期留抵稅額退稅”填報的留抵退稅額36萬元，應(yīng)以最近一期2019年10月《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額70萬，扣減稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的留抵退稅額后36萬的余額34萬元，計算當(dāng)期免抵退稅應(yīng)退稅額和免抵稅額。

三、新明確稅務(wù)機關(guān)審核確認

20號公告明確，稅務(wù)機關(guān)按照“窗口受理、內(nèi)部流轉(zhuǎn)、限時辦結(jié)、窗口出件”的原則辦理留抵退稅。稅務(wù)機關(guān)對納稅人是否符合留抵退稅條件、當(dāng)期允許退還的增量留抵稅額等進行審核確認，并將審核結(jié)果告知納稅人。分以下幾種情形：

（一）稅務(wù)機關(guān)在辦理留抵退稅期間，發(fā)現(xiàn)符合留抵退稅條件的納稅人存在以下情形，暫停為其辦理留抵退稅(以下簡稱暫停辦理留抵退稅情形）

1.存在增值稅涉稅風(fēng)險疑點的；

2.被稅務(wù)稽查立案且未結(jié)案的；

3.增值稅申報比對異常未處理的；

4.取得增值稅異常扣稅憑證未處理的；

5.國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。

如上述增值稅涉稅風(fēng)險疑點等情形已排除，且相關(guān)事項處理完畢后，按以下規(guī)定辦理：

1.納稅人仍符合留抵退稅條件的，稅務(wù)機關(guān)繼續(xù)為其辦理留抵退稅，并自增值稅涉稅風(fēng)險疑點等情形排除且相關(guān)事項處理完畢之日起5個工作日內(nèi)完成審核，向納稅人出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》。

2.納稅人不再符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務(wù)機關(guān)應(yīng)自增值稅涉稅風(fēng)險疑點等情形排除且相關(guān)事項處理完畢之日起5個工作日內(nèi)完成審核，向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》。

稅務(wù)機關(guān)對發(fā)現(xiàn)的增值稅涉稅風(fēng)險疑點進行排查的具體處理時間，由各?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市和計劃單列市）稅務(wù)局確定。

3.稅務(wù)機關(guān)對增值稅涉稅風(fēng)險疑點進行排查時，發(fā)現(xiàn)納稅人涉嫌騙取出口退稅、虛開增值稅專用發(fā)票等增值稅重大稅收違法行為的，終止為其辦理留抵退稅，并自作出終止辦理留抵退稅決定之日起5個工作日內(nèi)，向納稅人出具終止辦理留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》。

稅務(wù)機關(guān)對納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法行為核查處理完畢后，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可按照本公告的規(guī)定重新申請辦理留抵退稅。

（二）納稅人符合留抵退稅條件且不存在暫停辦理留抵退稅情形的，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)自受理留抵退稅申請之日起10個工作日內(nèi)完成審核，并向納稅人出具準(zhǔn)予留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》。納稅人既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，上述10個工作日，自免抵退稅應(yīng)退稅額核準(zhǔn)之日起計算。

(三）納稅人不符合留抵退稅條件的，不予留抵退稅。稅務(wù)機關(guān)應(yīng)自受理留抵退稅申請之日起10個工作日內(nèi)完成審核，并向納稅人出具不予留抵退稅的《稅務(wù)事項通知書》。

四、增量留抵稅額的確認

39號公告規(guī)定，增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。納稅人當(dāng)期允許退還的增量留抵稅額，按照以下公式計算：

允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構(gòu)成比例×60%

進項構(gòu)成比例，為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內(nèi)已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）、海關(guān)進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。

20號公告進一步明確了，納稅人在辦理留抵退稅期間發(fā)生下列情形的，按照以下規(guī)定確定允許退還的增量留抵稅額：

（一）因納稅申報、稽查查補和評估調(diào)整等原因，造成期末留抵稅額發(fā)生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額。

案例4：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬元，2019年9月期末留抵稅額68萬元，進項構(gòu)成比例為90%。分以下幾種情形：

1.假設(shè)該企業(yè)2019月10月申報期申請退還留抵稅額：

該企業(yè)允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構(gòu)成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬元。

2.假設(shè)該企業(yè)2019月11月申報期申請退還10月的留抵稅額：

2019年10月，銷項稅額56萬，進項稅額10萬，上期留抵稅額68萬，期末留抵稅額為22萬元。

則該企業(yè)屬于因納稅申報造成期末留抵稅額發(fā)生變化的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額確定允許退還的增量留抵稅額為22萬元。

企業(yè)取得退還的留抵稅額后，應(yīng)相應(yīng)調(diào)減當(dāng)期留抵稅額，2019年10月的期末留抵由22萬元變?yōu)?。

借：銀行存款 220000

貸：應(yīng)交稅費——應(yīng)交增值稅（進項稅額轉(zhuǎn)出） 220000

（二）納稅人在同一申報期既申報免抵退稅又申請辦理留抵退稅的，或者在納稅人申請辦理留抵退稅時存在尚未經(jīng)稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額的，應(yīng)待稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)免抵退稅應(yīng)退稅額后，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，扣減稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的免抵退稅應(yīng)退稅額,是指稅務(wù)機關(guān)當(dāng)期已核準(zhǔn)，但納稅人尚未在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》第15欄“免、抵、退應(yīng)退稅額”中填報的免抵退稅應(yīng)退稅額。

舉例見案例2

（三）納稅人既有增值稅欠稅，又有期末留抵稅額的，按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額。

案例5：某增值稅一般納稅人符合留抵退稅條件。2019年3月期末留抵為10萬元，2019年9月期末留抵稅額68萬元，進項構(gòu)成比例為90%。該企業(yè)2019月10月申報期申請退還留抵稅額：

計算允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構(gòu)成比例×60%=58×90%×60%=31.32萬元。

假設(shè)經(jīng)稅務(wù)稽查，該企業(yè)2018年5月應(yīng)補繳增值稅50萬元，企業(yè)因資金困難形成欠稅。

企業(yè)應(yīng)按最近一期《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》期末留抵稅額，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的增量留抵稅額，即允許退還的增量留抵稅額=2019年9月的期末留抵稅額68萬-欠稅50萬=18萬元。

五、后續(xù)事項

39號公告規(guī)定，納稅人取得退還的留抵稅額后，應(yīng)相應(yīng)調(diào)減當(dāng)期留抵稅額。按照本條規(guī)定再次滿足退稅條件的，可以繼續(xù)向主管稅務(wù)機關(guān)申請退還留抵稅額，但規(guī)定的連續(xù)期間，不得重復(fù)計算。以虛增進項、虛假申報或其他欺騙手段，騙取留抵退稅款的，由稅務(wù)機關(guān)追繳其騙取的退稅款，并按照《中人民共和國稅收征收管理法》等有關(guān)規(guī)定處理。